La realizaciòn de la prueba RT-PCR SARS-CoV-2 como herramienta para detectar la infecciòn por SARS-Cov-2 en la poblaciòn
Estimado editor,
En todo el mundo, la detección y el seguimiento de la infección por SARS CoV-2 sigue basándose en los resultados de la prueba en tiempo real de la reacción en cadena de la polimerasa con transcripción inversa (RT-PCR). Una revisión de alcance reciente en esta revista informó que la evaluación de la precisión diagnóstica de la prueba de RT-PCR para el SARS-CoV-2 ha sido menos que perfecta []. Analizamos datos del mundo real de un gran laboratorio en la ciudad de Münster (población 313.000), Alemania, derivados de una única plataforma RT-PCR de alto rendimiento totalmente automatizada (sistema cobas SARS-CoV-2 RT-PCR, Roche Diagnostics) utilizando los mismos dos genes diana durante todo el período de estudio (semanas 10-49, 2020).Este laboratorio realizó aproximadamente el 80% de todas las pruebas de RT-PCR de SARS-CoV-2 en la región de Münster durante este tiempo. Exploramos los cambios en el porcentaje de pruebas de RT-PCR positivas (tasa positiva) a lo largo del tiempo.Además, evaluamos la influencia de covariables como la edad, el sexo, el tiempo del calendario y los síntomas en el momento de la primera prueba de RT-PCR sobre la distribución de los valores del umbral del ciclo (Ct).
Casi todas las muestras de hisopos se analizaron dentro de las 24 horas posteriores a la recolección. Las pruebas y su interpretación se llevaron a cabo de acuerdo con el protocolo de autorización de uso de emergencia (EUA) de Roche cobas SARS-CoV-2, siendo los objetivos específicos de la prueba el marco de lectura abierto (ORF) 1ab y los genes del pan-Sarbecovirus E. El límite de detección, definido como la concentración de analito que se detectará en el 95% de las pruebas replicadas, fue de 0,007 dosis infecciosas medianas de cultivo de tejidos (DICT50) por ml para la diana 1 y 0,004 DICT50 / ml para la diana 2, correspondientes a los valores de Ct de aproximadamente 33 y 36, respectivamente (prospecto de cobas® SARS-CoV-2, versión 1.0).
Las pruebas de RT-PCR que no habían cruzado el umbral de positividad después del 40º ciclo se informaron como “negativas”. El valor de Ct es inversamente proporcional a la cantidad inicial de ácido nucleico diana y, por tanto, es un indicador relativo de la concentración de partículas virales en la muestra clínica. Un aumento en el valor de Ct de tres puntos indica que la cantidad inicial de partículas virales fue menor en un factor de aproximadamente diez.
Clasificamos nuestros valores de Ct basados en la población de acuerdo con las recomendaciones de la encuesta de hogares COVID-19 de la Oficina de Estadísticas Nacionales del Reino Unido (ONS) como <25 y ≥ 25 []. Dado que ha habido alguna discusión sobre este umbral de Ct [, , ], realizamos una segunda categorización utilizando un punto de corte de <30 versus ≥ 30. Para un pequeño subconjunto de 58 personas, se disponía de suficiente información clínica para permitir la clasificación como sintomática o asintomática.
De 162.457 personas analizadas, 4.164 (2,6%) tuvieron una prueba de RT-PCR positiva. La tasa positiva fue menor entre los niños de 0 a 9 años (2,2%) y entre los adultos de 70 años o más (1,6%), en comparación con el grupo intermedio de 10 a 69 años (2,8%). La tasa positiva estuvo fuertemente relacionada con la estrategia nacional de prueba del SARS-CoV-2. Durante la primera y tercera fase de las pruebas nacionales, se realizaron pruebas a personas predominantemente sintomáticas. Durante estas fases, las tasas positivas fueron más altas que durante la segunda fase intermitente correspondiente a la temporada de verano, cuando se probaron individuos predominantemente asintomáticos. La tasa positiva durante la tercera fase fue considerablemente más alta que durante la primera fase. Durante el pico de pruebas en individuos asintomáticos, sólo el 0,4% dio positivo con un valor Ct medio de 28,8. Se observaron valores medios más altos de Ct entre niños de 0 a 9 años (28,6) y adultos mayores de 70 años (27,0). Solo el 40,6% de las pruebas positivas mostraron valores de Ct por debajo del umbral de 25, lo que indica una probabilidad de que la persona sea infecciosa ( Tabla 1 ). En el pequeño grupo de individuos para los que se disponía de información clínica, los sujetos sintomáticos tenían un valor de Ct medio marcadamente más bajo de 25,5 en comparación con los sujetos asintomáticos, que mostraban un valor de Ct medio de 29,6 ( Figura 1 ).
Tabla de leyenda: SD = desviación estándar
1) solo se incluyeron personas con pruebas claramente positivas o negativas
2) entre 4164 personas que dieron positivo, el valor Ct estaba disponible para 3810 personas (91,5%); Los valores de Ct no se pudieron recuperar para las pruebas positivas durante las semanas calendario 12-13 y 16-25 en 2020
3) Pico de la 1ª ola en las semanas 12-13 (16.-29.3.2020); semanas proxy 13-14; pruebas no selectivas en las semanas 33-34 (pico de pruebas para el regreso del viajero); pico de lasegunda oleada en las semanas 50-51 (7.-20.12.2020), semanas proxy 48-49
Figura 1 Distribución del valor Ct entre individuos sintomáticos y asintomáticos con pruebas positivas en la región de Münster, Renania del Norte-Westfalia, Alemania, 2020
La mayoría de las pruebas positivas en nuestra muestra mostraron valores de Ct de 25 o más, lo que indica una carga viral baja. Los valores de Ct fueron en promedio más bajos en los individuos sintomáticos que en los asintomáticos. Nuestros resultados son similares a las observaciones realizadas en la Encuesta ONS con tasas positivas consistentemente bajas (0.06%) durante los meses de verano, seguidas de un aumento a más del 1% a fines de octubre de 2020. Una proporción sustancial (45% -68 %) de las personas con resultado positivo en la prueba en el Reino Unido no informaron síntomas en el momento de su prueba de PCR positiva [].
A la luz de nuestros hallazgos de que es poco probable que más de la mitad de las personas con resultados positivos en la prueba de PCR hayan sido infecciosos, la positividad de la prueba de RT-PCR no debe tomarse como una medida precisa de la incidencia infecciosa del SARS-CoV-2. Nuestros resultados confirman los hallazgos de otros de que el uso rutinario de resultados "positivos" de la prueba de RT-PCR como el estándar de oro para evaluar y controlar la infecciosidad no refleja el hecho de que "el 50-75% de las veces que un individuo es es probable que sean posinfecciosas "[].
Los individuos asintomáticos con resultados positivos en la prueba de RT-PCR tienen valores de Ct más altos y una menor probabilidad de ser infecciosos que los individuos sintomáticos con resultados positivos. Aunque se ha demostrado que los valores de Ct están inversamente asociados con la carga viral y la infectividad, no existe una estandarización internacional entre los laboratorios, lo que hace problemática la interpretación de las pruebas de RT-PCR cuando se utilizan como herramienta para el cribado masivo.
Declaración de intereses en competencia
Paul Cullen ha recibido honorarios de conferenciante de Roche Diagnostics. Ninguno de los otros autores declara ningún conflicto de intereses.
Referencia
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Oficina de Estadísticas Nacionales (ONC). Encuesta de infección por COVID-19.Análisis de umbral de ciclo y transmisión domiciliaria. Fecha de lanzamiento 18 de diciembre de 2020; número de referencia 12683.https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationandcommunity/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/adhocs/12683coronaviruscovid19infectionsurveycyclethresholdandhouseholdtrans-missionanalysis . Disponible en: https://www.ons.gov.uk/peoplepopulationand-community/healthandsocialcare/conditionsanddiseases/adhocs/12683corona-viruscovid19infectionsurveycyclethresholdandhouseholdtransmissionanalysis.Consultado el 12-2-2021.
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- Prevalencia comunitaria del SARS-CoV-2 en Inglaterra de abril a noviembre de 2020: resultados de la Encuesta de infección por coronavirus de la ONS.Lancet Public Health. 2021; 6 ( e30-e8 )
- Aclarar la evidencia sobre las pruebas rápidas del antígeno SARS-CoV-2 en las respuestas de salud pública al COVID-19.Lanceta. 2021;
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